北京大学电镜室始建于1964年，创建之初就被定位为北京大学显微分析测试公共平台（第一个校级公共平台）。1990年被批准为电子光学与电子显微镜国家重点学科专业实验室。 

      电镜室现有工作人员11人，包括实验室主任俞大鹏院士，学术委员会主任叶恒强院士，工程技术系列的老师9位。其中，8人具有博士学位，9人为高级职称（含两位教授级高级工程师），平均年龄45岁。实验室人员专业背景涉及：物理学，电子学，化学，材料科学和地质学，人员配备合理。此外，实验室还聘请客座教授3人：姚楠（教授，普林斯顿大学材料学院电镜室主任）、顾辉（教授，上海大学）、邹晓东（教授，瑞典斯德哥尔摩大学）。

      电镜室定位于全校理工科各院系电镜相关的分析、测试服务及电镜专业人才的培养，全面推行开放式管理。自2002年起，开放式管理模式在电镜室开始积极推行，各院系用户经电镜室培训考核合格后，可全天候进入电镜室使用相关大型仪器。 

      作为学校的公共平台，电镜室在显微分析和测试方面，对学校相关院系的科研和教学起到了重要的支撑作用。 

      电镜室在学校“双一流”项目的大力支持下，近两年新增6台大型电镜：包括目前世界上能量分辨率最高的Nion U-HERMES（能量分辨率优于8meV），还有先进的FEI Titan Cubed Themis 透射电镜（带单色器和双球差矫正器和超级能谱，分辨率优于60pm）、Zeiss ORION NanoFab He离子显微镜（分辨率优于0.5nm,纳米级加工精度）和FEI Titan Krios冷冻电镜（300KV），其中3台设备已完成安装，运行正常。Nion U-HERMES已经完成硬件安装，正在调试当中。2017年底订购了一台FEI的最先进的聚焦离子束和一台环境扫描电镜，它们将于2018年夏天安装。目前，电镜室现有大型电镜13台，其中透射电镜6台、扫描电镜3台、聚焦离子束(FIB)2台、氦离子显微镜1一台、时间分辨阴极荧光扫描电镜1台（自行研发）。电镜室现有单价在40万元以上的大型设备40多台，仪器总价值超过1.3亿元。实验室面积1000m2，所有设备实行培训开放的管理模式，硬件配置和开放环境在国内处于领先地位。